Pese a los avances experimentados en las últimas décadas, la contaminación de los recursos hídricos ya sea por los cambios morfológicos (presas, grandes embalses) o la extracción excesiva de caudales siguen siendo las principales amenazas para la salud de estos ecosistemas a largo plazo. En España, el 45% de los ríos, humedales y estuarios, y el 44% de los acuíferos están en mal estado.

Los estados miembros de la UE han realizado esfuerzos notables para mejorar la calidad del agua mediante la mejora del tratamiento de las aguas residuales pero todo esto está resultado insuficiente; entre otras razones porque la propia directiva marco del agua no se contenta con garantizar la calidad química del agua, sino que exige a los países una recuperación ecológica integral de los ríos, estuarios y demás, es decir, que estos tengan fauna, vida, bosques de ribera. El estado ecológico global no ha mejorado desde la última evaluación, hecha por la Agencia Europea de Medio Ambiente en el 2012.