El Consejo de Ministros, a través de una propuesta del Ministerio de Agricultura y Pesca, Alimentación y Medio Ambiente, aprobó el Real Decreto mediante el cual se declara Zona de Especial Conservación (ZEC) el Lugar de Importancia Comunitaria (LIC) Islas Chafarinas, dentro de la Red Natura 2000. Además, mediante este mismo Real Decreto, también se amplía su Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA), de forma que que sus fronteras sean coincidentes con los del Lugar de Importancia Comunitaria (LIC) para lograr que tanto el LIC, la ZEC y la ZEPA.

De esta manera, se cumple, además, la obligación de declarar este LIC –aprobado por la Comisión Europea– como ZEC, tal y como establece la Ley del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad. El espacio protegido Islas Chafarinas, constituido por tres islas, se encuentra situado al sur de la Península Ibérica, en la zona meridional del mar de Alborán, a unas 27 millas náuticas al este de Melilla y a 1,73 al Norte del cabo del Agua (Ras el Ma), en la costa marroquí.

La conservación de la integridad de los ecosistemas presentes en el archipiélago se inició en el año 1982, con la declaración mediante Real Decreto de las Chafarinas como Refugio Nacional de Caza, tras descubrirse la que fue en su día la mayor colonia de gaviota de audouin (Larus audouinii), la presencia periódica de foca monje (Monachus monachus), junto a la existencia de especies interesantes de reptiles (eslizón de Chafarinas, etc.) y especies endémicas de flora y fondos marinos en perfecto estado de conservación